Naruto est le fils du quatrième hokage Minato Namikaze et de Kushina Uzumaki[A 2]. Ce fut juste après sa naissance que le village de Konoha fut attaqué par Kyûbi, le démon-renard à neuf queues, qui semait la destruction partout où il allait. Afin de stopper l’attaque du démon, Minato le scella dans le corps de Naruto, donnant à celui-ci l’accès à un immense pouvoir, mais ce geste coûta la vie à Minato[A 3]. Peu avant de mourir, Minato émit le souhait que son fils soit davantage perçu comme un héros pour le village que comme un jinchūriki. Cependant la plupart des villageois choisirent d’ignorer cette requête, ne voyant en Naruto que le monstre qui a causé tant de souffrances au village. Naruto lui-même ne sait pas pourquoi les habitants du village le traitent avec répulsion et l'ignorent[A 4]. C'est pourquoi il vécut dans la solitude et l'incompréhension, entraînant chez lui une grande souffrance intérieure.
Comme son père est mort et que sa mère a vraisemblablement partagé le même sort, Naruto passa pour un orphelin n'ayant jamais connu ses parents. Bien qu’il sache que c’est Minato qui a scellé le démon-renard en lui, Naruto a longtemps ignoré le lien familial qu'ils partagent tous les deux ; par contre les adultes qui connaissent ce secret, tel que les sannin Jiraya et Tsunade, ne peuvent s’empêcher de remarquer que Naruto tient beaucoup de ses parents[A 2]. À noter que le prénom Naruto fut choisi par son père qui le trouva dans le premier roman écrit par Jiraya (qui n'eut aucun succès commercial), où le héros principal portait ce nom[A 5].